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2179. Alors qu'ils sont en hypersommeil à bord de l'USS Sulaco, Ellen Ripley et ses compagnons rescapés de la bataille sur sur Acheron : Newt, Hicks, et l'androïde Bishop, sont éjectés par l'ordinateur de bord dans une capsule de secours, l'EEV (Emergency Escape Vehicle), à la suite d'un incendie. La capsule vient s'écraser sur Fiorina 16, une planète-prison peuplée par des criminels hommes ayant le syndrome XYY qui ont succombé à leurs pires instincts masculins. Ripley est réveillée par Clemens, le docteur de la prison, qui l'oblige à se raser le corps entier à la suite des invasions de vermines, mais surtout, qui lui apprend qu'elle est la seule survivante du vaisseau. Les détenus accueillent froidement la rescapée qui constitue pour eux une tentation.
Mais Ripley a un doute : se pourrait-il que l'incendie à bord du Sulaco ait été provoqué par un Alien ? Voulant en avoir le cur net, elle demande au Docteur Clemens avec qui elle s'est liée d'amitié d'effectuer une autopsie sur le corps de la petite Newt. L'investigation ne donnera rien et il semble qu'elle soit simplement morte noyée dans son caisson dhyper-sommeil durant le crash de la capsule de secours dans l'eau. Quant à Hicks, il s'est empalé à un bout de verre de son caisson causé par la collision. Cependant, le directeur de la colonie, Andrews, s'énerve du comportement étrange de Ripley qui agite les prisonniers. Les corps de Newt et Hicks sont incinérés. Au même moment, dans la "boucherie", un rottweiler, présent lors de la découverte de l'EEV est pris de convulsions et un xénomorphe jaillit de son corps. L'Alien attaque alors les membres de la colonie, et en tue plusieurs.
Afin d'obtenir des réponses, Ripley
se doit de retrouver l'androïde Bishop et de le reconnecter. Alors qu'elle
l'a retrouvé, elle se rend compte que des prisonniers l'ont suivie.
Elle se fait agresser, mais un autre prisonnier, Dillon, plus équilibré
mentalement que ses camarades, tabasse les prisonniers pour que ceux-ci laissent
Ripley tranquille. Elle réactive l'androïde Bishop, très
endommagé, qui lui révèle qu'il y avait un Alien sur
le Sulaco et qu'il est venu avec eux sur Fiorina dans la capsule de secours.
Bishop se plaint d'avoir très mal et demande à Ripley de le
désactiver pour de bon, ce qu'elle fait. Elle informe alors Andrews
de ses rencontres avec l'Alien et suggère de le traquer. Andrews ne
croit pas son histoire et lui répond qu'il n'y a de toute façon
pas d'armes dans la colonie. Leur seul espoir de protection reste le vaisseau
envoyé par la compagnie Weyland-Yutani pour récupérer
Ripley.
De retour à l'infirmerie, Clemens est tué par l'Alien, qui s'approche
également de Ripley mais n'essaie pas de la tuer. Alors qu'elle court
prévenir les autres, elle voit l'Alien tuer Andrews. Ripley se joint
aux prisonniers pour tenter de capturer la créature dans le caisson
isolant des matières explosives. Celles ci sont répendues dans
les couloirs pour contraindre l'Alien à rejoindre le caisson. L'un
des prisonniers est devoré par l'Alien et lâche un batonnet enflammé
qui cause plusieurs morts et fait échouer le plan.
En utilisant le matériel médical de la capsule de secours, Ripley découvre qu'elle a l'embryon d'une reine Alien à l'intérieur d'elle. Elle se rend compte également que la compagnie Weyland Yutani souhaite en réalité mettre la main sur l'Alien adulte et l'embryon de reine afin de s'en servir comme armes biologiques. Se doutant que l'Alien ne va pas la tuer à cause de l'embryon qu'elle porte, Ripley supplie le chef des prisonniers, Dillon, de la tuer. Il promet de le faire seulement si elle les aide d'abord à tuer l'Alien. Ils forment un plan pour attirer la créature dans la fonderie de la colonie et la noyer dans du plomb fondu. Le plan cause la mort de presque tous les prisonniers dont Dillon, qui se sacrifie pour immobiliser la créature. L'Alien, couvert de plomb fondu, est tué par Ripley qui l'asperge d'eau, ce qui refroidit son exosquelette, qui explose par un choc thermique.
Au même moment, l'équipe de la compagnie Weyland-Yutani arrive, dont un homme ayant le visage de Bishop, expliquant être le créateur de l'androïde. Il essaie de persuader Ripley de se faire enlever l'embryon par chirurgie. Ripley refuse et se suicide, en sautant dans la fournaise. La prison se ferme et l'équipe de la compagnie Weyland-Yutani ramène le seul survivant, Morse. Dans la capsule de secours du Sulaco on entend l'enregistrement sonore des dernières paroles de Ripley avant sa mise en hypersommeil, 50 ans plus tôt, à son départ de Zeta Reticuli alors qu'elle se croyait débarassée de l'Alien.
Alien 3 vient après Alien, le huitième passager (Ridley Scott, 1979) et Aliens, le retour (James Cameron, 1986). Il sera suivi de Alien, la résurrection (Jean-Pierre Jeunet, 1997) et de Prometheus (Ridley Scott, 2012) .