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Dans
un passé lointain, un vaisseau extraterrestre arrive sur Terre. Un
être humanoïde y est déposé et s'y sacrifie en absorbant
un liquide noir sous l'effet duquel son corps se désintègre,
répandant son ADN dans un cours d'eau.
En 2089, les archéologues Elisabeth Shaw et son compagnon Charlie Holloway
découvrent une peinture préhistorique en Écosse, représentant
un humanoïde désignant six étoiles, peinture quasi-identique
à des représentations picturales découvertes chez d'autres
civilisations du monde. En 2093, une expédition scientifique est organisée
par la société Weyland, qui envoie dix-sept membres à
bord du vaisseau Prometheus jusqu'à une lune lointaine appelée
LV-223, censée être l'endroit indiqué sur les images.
Le voyage dure deux ans pendant lesquels l'androïde David surveille le
vaisseau alors que l'équipage est en biostase. À l'approche
de la destination, David réveille le reste de l'équipage. Shaw
et Holloway leur expliquent le but du voyage : explorer une planète
probablement peuplée d'extraterrestres qu'ils nomment les "Ingénieurs",
qui seraient responsables de la création de l'humanité. Le vaisseau
se pose près d'un immense dôme artificiel, et plusieurs membres
de l'équipage explorent l'intérieur du bâtiment. Ils y
trouvent le corps décapité d'un Ingénieur, mort deux
mille ans plus tôt et une grande salle parsemée d'urnes, que
domine une statue monumentale représentant une tête d'humanoïde,
et des fresques étranges.
Une tempête qui approche les force à retourner au vaisseau. Shaw
et Holloway emportent la tête de l'Ingénieur tandis qu'en cachette
David emporte une urne dans un sac. Le géologue Fifield et le botaniste
Milburn, perdus dans le temple, sont forcés d'y rester en attendant
que la tempête se calme.
Sur
le vaisseau, Shaw et la scientifique Ford étudient la tête. Un
casque recouvre en fait une tête humanoïde de grande taille et
Shaw découvre que son ADN est identique à celui de l'espèce
humaine. Pendant ce temps, David ouvre l'urne pour y découvrir des
fioles contenant un liquide noir. Sous les ordres d'un autre homme encore
en biostase sur le vaisseau, David infecte Holloway avec le liquide noir.
Celui-ci est despéré de ne pouvoir parler aux créateurs
de l'humanité et c'est avec desespoir qu'il fait l'amour avec Elisabeth
Shaw, elle-même désespérée d'être stérile.
Pendant ce temps au temple, Milburn est attaqué par une créature
ressemblant à un serpent. Fifield coupe la créature en deux
et est aspergé de son sang acide. Il tombe dans le liquide noir qui
s'écoule des urnes. La créature s'introduit alors dans la bouche
de Milburn, le tuant. Une fois la tempête dissipée, l'équipage
retourne au temple et y trouve le corps de Milburn mutilé. Parti de
son côté, David découvre ce qui semble être un vaisseau
spatial contenant une carte stellaire désignant la Terre, ainsi que
le corps en biostase d'un Ingénieur encore vivant. Holloway, infecté,
est en proie à des crises et des convulsions. L'équipage retourne
en hâte au vaisseau où, malgré les cris de Shaw, Holloway
supplie Vickers de le tuer, ce qu'elle fait avec un lance-flammes.
Shaw se réveille ensuite à l'infirmerie,
où elle découvre être enceinte malgré sa stérilité
et bien qu'ayant passé deux années endormie. David lui apprend
qu'il s'agit en fait d'une créature extraterrestre et veut la mettre
de force en biostase pour ramener la créature en l'état sur
Terre et l'étudier. Shaw parvient à s'échapper, et elle
utilise une machine capable de procéder automatiquement à des
opérations chirurgicales pour extraire par une césarienne sauvage
une créature tentaculaire. En état de choc, Shaw découvre
Peter Weyland, l'homme resté secrètement en biostase confiné
dans les quartiers de Vickers (qui s'avère être sa fille). Il
explique vouloir utiliser la technologie des Ingénieurs pour accéder
à l'immortalité. Au même moment, le corps mutant de Fifield
se présente devant le vaisseau, attaque l'équipage et tue un
certain nombre de ses membres avant d'être lui-même abattu au
lance-flammes par le capitaine Janek et son copilote. Janek suggère
ensuite à Shaw que la planète a été utilisée
par des Ingénieurs comme base militaire pour fabriquer leur arme biologique,
le liquide noir, qui s'est retrourné contre eux.
Une nouvelle expédition est lancée par Weyland pour réveiller
le dernier Ingénieur de sa biostase. Aussitôt fait, ignorant
toute tentative de communication de la part des humains, celui-ci décapite
David, tue Weyland et Ford ainsi que les autres personnes présentes.
Seule Elisabeth Shaw s'échappe et regagne l'extérieur. Par radio,
elle informe Janek et les pilotes Chance et Ravel que le vaisseau extraterrestre
compte se rendre sur Terre pour exterminer l'humanité. Alors que Vickers
ordonne aux pilotes de rentrer sur Terre, Shaw les convainc de détruire
le vaisseau extraterrestre qui s'apprête à quitter la planète.
Les pilotes se sacrifient en jetant le Prometheus contre le vaisseau extraterrestre
tandis que Meredith Vickers ordonne à Janek d'éjecter son module
de survie. Le vaisseau des Ingénieurs s'écrase alors au sol,
tuant Vickers. Shaw est protégée par un rocher mais, à
court d'oxygène, elle retourne à l'épave du module de
survie de Vickers. Elle y retrouve la créature extraite précédemment
de son ventre coincée dans une salle, ayant subi une croissance spectaculaire.
L'Ingénieur survivant réapparaît et attaque Shaw qui ouvre
alors une porte libérant la créature qui a le dessus sur l'Ingénieur.
Shaw s'introduit ensuite dans le vaisseau écrasé pour récupérer
les restes de David, toujours en fonctionnement qui lui a indiqué qu'il
existe plusieurs vaisseaux sur la planète. Elle lui demande alors de
la conduire aux autres vaisseaux pour enfin s'échapper de la planète
LV-223 et rejoindre celle où vivent les Ingénieurs. Shaw veut
comprendre pourquoi ils souhaitent détruire l'humanité après
l'avoir créée.
Sur LV-223, le corps inanimé de l'Ingénieur dans l'épave
du module de survie de Vickers se convulse...L'Alien s'extirpe de son thorax.
L'action se situe 30 ans avant le premier Alien (Ridley Scott, 1979). Le film est en effet le premier préquel ayant pour but d'expliquer l'origine des Aliens. Ridley Scott souhaite alors se caler sur la saga Starwars avec ses trois épisodes se situant avant le mythique et originel Episode IV auquel, l'Alien d'origine doit d'ailleurs beaucoup en tant que Blocbuster.
Dans ce premier préquel, Scott prend son temps, trop sans doute. Il n'explique que l'identité du "Space jockey", l'extraterrestre fossilisé et vraisemblablement victime d'un chestburster, que l'on voit dans le premier Alien. De plus, si c'est une femme qui mène l'action, ce n'est pas Ellen Ripley (pas encore née) mais l'archéologue Elizabeth Shaw (Noomi Rapace).
Quelques scènes d'horreur sont très réussies : David se prenant pour Peter O'Toole dans Lawrence d'Arabie, la césarienne sauvage, le combat entre l'ingénieur et l'alien. Mais aucune épaisseur romanesque, psychanalytique ou mythologique. Le rôle du père, mort du virus Ébola, la foi d'Elisabeth, les fresques de la grotte ou de la caverne sont sacrifiées. Il y a même une certaine incohérence de scénario : si, au début de l'humanité, les ingénieurs désignent LV-223, est-ce dans l'intention, déjà, de détruire ceux qu'ils ont à peine créés ? Le sacrifice de l'équipage pour sauver la terre apparait bien soudain et peu crédible.
La 3D renforce la beauté des paysages : l'étalement dans la profondeur de champ de la géographie terrienne, au début, ou des technologies multiples du vaisseau. Elle accentue aussi la profondeur des boyaux du dôme. Elle concourt donc à accentuer la vraisemblance de la situation de science-fiction. On note toutefois la maladresse connue de "l'effet figurine" due à la plongée lorsque, presque au tout début, l'un des archéologues se détourne pour appeler ses camarades en contrebas suite à la découverte d'Elisabeth. Pris en plongée depuis le haut du camp, l'archéologue apparait trop petit. Les personnages en amorce d'un autre, qui parle pris de face, donnent l'impression de former deux figurines plates étagées dans le plan.