Sur l’île où il réside, Alexandre est au bord du chemin avec son jeune fils, Petit Garçon, qui vient d'être opéré des cordes vocales et ne peut parler. Tout en plantant un arbre mort, il lui raconte une légende japonaise : en arrosant régulièrement le pied de l'arbre et en y croyant, il reprendra vie.
La saison du soleil de minuit approche sur cet endroit calme de l'île de Gotland où Alexandre, écrivain et ancien comédien, s'est retiré avec sa famille. Ce soir, Alexandre célèbre son anniversaire entouré de quelques proches ; Otto, le facteur philosophe qui fait souvent référence à Nietszche, Adélaïde, l'épouse, Marta, la fille aînée, Victor, l'ami, Julia la gouvernante. La famille semble traverser une grave crise. Adélaïdeaime le médecin-ami de la famille qui excédé de tout est sur le point d’émigrer en Australie Au cours de cette nuit d'été, soudain : une forte secousse, les couleurs disparaissent, la télévision annonce qu'un conflit nucléaire vient d'éclater, puis l'émission est arrêtée...
Alexandre, en quête de vie spirituelle, sombre peu à peu dans le désespoir. Il songe même à se suicider, mais une visite, dès l'aube, à Maria, la jeune servante islandaise, dotée de pouvoirs bénéfiques, lui montre le chemin. Au matin, il constate que tout est redevenu comme avant. En communion avec Dieu, il accepte de se sacrifier pour sauver les siens, son fils, l'humanité. Il renonce aux biens matériels en mettant le feu à sa datcha et perd la raison. Il est interné. Sous l'arbre mort qu'il continue d'arroser, Petit Garçon rêve, il prononce d’une voix enrouée : « au commencement était le verbe. Pourquoi Papa ? ».
Plan séquence de 5'50 de la destruction de la maison par le feu et de l'ambulance emportant Alexandre. Le dernier plan de son dernier film, reprend le premier plan de son premier, L'enfance d'Ivan (1962). C'est un panoramique ascendant sur un arbre qui révèle une nature magnifique.