Daisy va mourir à l'hôpital de la Nouvelle-Orléans. Un ouragan s'approche et certains malades et du personnel sont évacués. A sa fille Caroline venue l'assister dans ses derniers moments, Daisy raconte l'histoire de Monsieur Gâteau, le meilleur horloger de l'état. Pour l'inauguration de la gare de la Nouvelle Orléans en 1918, il avait été choisi pour construire la grande horloge. Traumatisé par la mort de son fils unique, il avait dévoilé une horloge qui remontait le temps, symbole de l'espoir de retrouver les enfants morts à la guerre.
Daisy demande ensuite à Caroline de lire un curieux journal daté du 4 avril 1985 à la Nouvelle Orléans. L'auteur y exprimait ses dernières volontés et racontait son bien le plus précieux, l'histoire de sa vie : "Je m'appelle Benjamin Button. Je suis né dans des circonstances étranges, le jour où la première guerre mondiale venait d'être gagnée..." Thomas Button apprend que sa femme va mourir et s'aperçoit avec horreur que son fils est un monstre. Mlle Queenie le garde contre l'avis de son petit ami, M. Weathers.
Thanksgiving 1930, Benjamin rencontre Daisy pour la première fois. Une Mme Lawson ou Hartford lui apprend le piano. Il est engagé sur le Chelsea, revoit Thomas Button sans savoir qu'il est son père, la femme au piano meure. En 1936, il a dix-sept ans et embarque avec le capitaine Mike, tatoué et amateur de poissons volants. Il rencontre Elizabeth Abbott à Mourmansk qui avait dû renoncer à traverser la manche et renoncé à tout. Apres la guerre, Daisy est devenue une jeune femme libérée. Elle s'offre sans amour à Benjamin qui refuse. Son père lui apprend qui il est et lui offre sa fortune. Benjamin va voir Daisy à New York elle le repousse. Elle a un accident. Elle le repousse.
Au printemps 1962, elle revient. Ils voyagent autour du monde. Au retour, Quennie est morte. Ils vivent d'amour et d'eau fraiche. Elle est enceinte. Caroline nait.
Il part et écrit des cartes de ses voyages. En 1970 pour ses deux ans. Il dit regretter manquer son premier jour d'école, ses leçons de piano, ses treize ans en 1981. Caroline se souvient alors l'avoir aperçu. C'était en 1980, Daisy était mariée à Robert. Ils avaient fait l'amour une dernière fois. Benjamin est ramené dans l'hospice de vieillards où il passa son enfance. Il oublie tout même comme on marche, comme on parle. En 2002, une nouvelle horloge numérique remplace l'ancienne. Printemps 2003, Benjamin bébé jette un dernier regard à Daisy qui s'en est occupé jusqu'à la fin.
"Certains naissent pour s'assoir au bord d'une rivière, d'autres sont frappés par la foudre, certains ont l'oreille musicale d'autres sont artistes, certains nagent d'autres s'y connaissent en boutons, certains connaissent Shakespeare, d'autres sont des mères et certaines personnes dansent."
Quand notre heure a sonné il faut lâcher prise, telle est la morale de l'étrange histoire de Benjamin Button, cet homme qui naquit à 80 ans et vécut sa vie à l'envers, sans pouvoir arrêter le cours du temps. Situé à La Nouvelle-Orléans et adapté d'une nouvelle de F. Scott Fitzgerald, le film suit ses tribulations de 1918 à nos jours. L'histoire d'un homme hors du commun. Ses rencontres et ses découvertes, ses amours, ses joies et ses drames. Les individus singuliers survivent à l'emprise du temps.