L'an 10991. L'empereur Shaddam IV gouverne l'Univers. Avec l'aide des Harkonnen, de la planète Geidi Prime, il conçoit un plan pour éliminer le peuple des Atréïdes, qui habite Caladan, et son chef le duc Leto. Il les envoie sur la planète Arrakis, plus connue sous le nom de Dune ; une terre désertique où est extraite l'Épice miraculeuse qui donne longévité et pouvoir. Sur Dune, cachés dans les grottes, les Fremen attendent la venue du messie qui leur donnera la liberté.
La traitrise du docteur Yueh permet aux Harkonnen de s'emparer du duc Leto. Grace à une dent empoisonnée implantée par Yueh, Leto tente de tuer son ennemi le baron Vladimir Harkonnen, mais ne réussit, en mourant, qu'à éliminer son "mentat" (ordinateur vivant), Piter de Vries.Tous les Atréides sont exterminés, sauf Paul, le fils du duc Leto, et sa mère Jessica (les Atreides n'auraient du avoir que des filles pour épouser un fils Harkonnen mais par amour pour son mari elle a donné naissance a un fils, Paul). Ils fuient dans le désert, où il leur faut échapper aux vers géants qui peuplent la planète, et trouvent refuge auprès des Fremen tels Stilgar. Très vite, ceux-ci comprennent que Paul est l'homme annoncé dans la prophétie. Il leur enseigne l'art du combat, parvient à dompter les vers géants de 40 mètres, et s'impose comme un véritable chef. De plus, Paul découvre la source de l'eau de vie utilisée aussi pour la voyance et la femme de sa vie, Chani.
Paul fait arrêter la production de l'Épice, objet de tant de convoitises, pour provoquer les Harkonnen, aidés par l'empereur Shaddam. Une gigantesque bataille s'engage. A la tête des Fremen montés sur les vers géants, Paul triomphe et impose le respect à ]'empereur. Il est bien "Muad' Dib", le kwisatz haderach, sauveur tant attendu par les Fremen.Adaptation intense et raffinée du roman de Frank Herbert.