En bas à droite, Héliodore, profanateur du temple, est terrassé et piétiné par le cheval du messager divin tandis que le grand prêtre, Orias, au fond, prie dans la pénombre qu'interrompt la lueur vacillante du candélabre allumé sur l'autel.
A gauche, Jules II sur la sedia gestatoria, assiste impassible à la scène, allusion à l'inviolabilité des territoires de l'église et à sa ferme volonté de chasser les usurpateurs.
La scène se déroule dans un édifice grandiose mais le rythme, classiquement solennel et paisible du temple de L'école d'Athènes, devient ici tourbillonnant dans l'ombre profonde des enfilades de portiques et de coupoles que zèbrent les éclairs. Au lieu de se disposer harmonieusement du centre vers la périphérie, les figures laissent le centre vide et se séparent en deux groupes dramatiques de chaque coté du premier plan.