La Cène, dernier repas pris par Jésus-Christ avec les douze apôtres, la veille de sa crucifixion impose une composition très large permettant de faire apparaître distinctement le Christ et ses disciples. Les apôtres manifestent leur émotion par des gestes tandis que le Christ console l’un d’eux. Judas apparaît seul du côté opposé de la table. Cet artifice de composition, permettant de distinguer Judas, est courant : Andrea del Castagno et Domenico Ghirlandaio l’avaient déjà utilisé au siècle précédent.
Les apôtres sont expressifs et pleins d'émotion, avec leurs traits exposés avec précision. Le travail est d'autant plus impressionnant que les femmes n'avaient pas le droit d'étudier l'anatomie. La table est tout aussi impressionnante. Parsemé de verres à vin, de pain, de couteaux
L’œuvre de Plautilla Nelli était très endommagée et a bénéficié d’une restauration d’une durée de plusieurs années à partir de 2015 menée par Advancing Women Artists est une organisation à but non lucratif engagée dans l'identification et la restauration d'œuvres d'art par des femmes dans toute la Toscane. L'eouvre est ainsi de nouveau exposée dans un musée après avoir été rangée dans les réserves durant 450 ans.