Gérard Garouste est interne au Collège du Montcel puis fait ses études à l'École des beaux-arts de Paris de 1965 à 1972, dans l'atelier « abstrait » de Gustave Singier. Il découvre alors Marcel Duchamp et l'art conceptuel. À cette époque, il pratique essentiellement du dessin d'humour et crée de nombreuses scénographies pour son ami l'auteur et metteur en scène Jean-Michel Ribes (notamment sur les spectacles Il faut que le Sycomore coule, Jacky parady etc.). En 1977, il présente au Palace Le Classique et l'Indien, un spectacle dont il est l'auteur, le metteur en scène et le décorateur. Depuis 1979, il vit et travaille dans l'Eure. Il intervient au Palace jusqu'en 1982, comme scénographe et comme peintre. C'est une exposition de Jean Dubuffet et des œuvres d'art Brut qui le décident à s'orienter dans la voie de la peinture figurative à la fin des années 1970.
En 1980, il expose pour la première fois à la galerie Durand-Dessert, avec une peinture figurative, mythologique et allégorique. Sa première exposition internationale a lieu à New York en 1982 à la Holly Solomon Gallery. D'autres suivront, notamment chez Leo Castelli et Sperone. Il est le seul artiste français invité à l'exposition Zeitgeist à Berlin. La reconnaissance institutionnelle arrive en 1987, au CAPC de Bordeaux, où il présente conjointement huiles sur toiles et acryliques sur indienne, puis à la Fondation Cartier.
Il a réalisé des œuvres ou des décors pour le palais de l'Élysée, des sculptures de la cathédrale d'Évry, le plafond du théâtre de Namur, une fresque pour la salle des mariages du bel hôtel de ville gothique de Mons ou encore les vitraux de l'église Notre-Dame de Talant. En 1989, Garouste réalise le rideau de scène du théâtre du Châtelet.
Une étape importante de son action est la création en 1991 de l'association La Source, à La Guéroulde dans l'Eure, qui aide des enfants et des jeunes issus de milieux défavorisés, voire en situation d'exclusion, à s'épanouir en participant à des ateliers animés par des artistes professionnels.
Il reçoit commande, en 1996, d'une œuvre monumentale pour la Bibliothèque nationale de France, mêlant peinture et fer forgé. Sculpture et gravure l'attirent de plus en plus, ainsi que l'illustration de textes universels, de Don Quichotte à la Haggadah. En 2001, il présente, à la Fondation Cartier, Ellipse, ensemble de toiles montées sur une architecture qu'il a lui-même dessinée. En 2008, sur commande d'État, il crée la maquette d'une tapisserie d'Aubusson monumentale de 24 m2, le Murex et l'Araignée, installée dans l'escalier d'honneur de l'hôtel de ville d'Aubusson. Depuis 2001, il est représenté par la galerie Daniel Templon.
Ses peintures, figuratives, font souvent référence à la Bible qu'il étudie intensément parallèlement à l'apprentissage de l'hébreu entamé à la fin des années 1990. Sa peinture cutlivée fait un grand usage de la citation historique et relève du Post-modernisme. Elle est hantée par les fantômes du passé, Rembrandt, Zurbaran ; déplacement, mémoire : notre avenir est contenu dans une image enfouie dans notre passé ; un tableau expliqué par tous les autres.
