Dans une salle de classe des années 1840 à Saint-Pétersbourg, dans le Missouri, une institutrice met en garde ses élèves contre toute association avec Huckleberry Finn, qu'elle qualifie de « garçon très malheureux ». Après l'école, Ben, Joe, Sam, Harry et Elliot retrouvent Huck au trou de pêche, détendu et insouciant. Les garçons l'avertissent que l'enseignant envisage de rendre visite à la veuve Douglas, la tutrice de Huck, pour lui dire que Huck ne sera pas promu en raison de son faible assiduité. L'un des garçons suggère à Huck de s'enfuir et de vivre avec son Pap, mais Huck rejette l'idée. Les garçons regardent avec envie Huck tirer sur sa pipe en épi de maïs. Elliot persuade Huck de le laisser essayer de le fumer mais, après quelques bouffées, il tombe malade. La gentille veuve offre à Huck un nouveau couteau en cadeau pour sa prochaine promotion, ce qui culpabilise Huck. Après le dîner, Huck retrouve Jim, l'esclave de la veuve et ami de Huck, qui aspire à retrouver sa femme, qui est maintenant loin dans l'Illinois. Huck fume sa pipe en secret jusqu'à ce que Miss Watson, la sœur sévère de la veuve, l'appelle pour une lecture de la Bible. Huck essaie de cacher la pipe encore allumée dans sa poche, mais la tromperie est révélée lorsque sa veste prend feu. La veuve prend Huck à part et écoute avec sympathie ses explications jusqu'à ce que Huck se couche. Mais son père vicieux et désespéré attend dans la chambre de Huck, qui envisage de forcer la veuve à payer 800 $ pour conserver la garde de Huck. Peu de temps après, Huck tente de quitter la ville mais est capturé par son Pap et emprisonné dans une cabane minable. Lorsque son Pap est sorti, Huck met en scène son propre meurtre et s'enfuit jusqu'à Jackson's Island dans un skiff. Là, il est surpris de rencontrer Jim, qui s'est enfui de la maison de la veuve parce qu'il a entendu la veuve parler de le vendre pour récolter 800 $. Huck se déguise en fille pour se rendre en ville où il apprend que Jim a été accusé du meurtre de Huck et que des justiciers tentent de le retrouver. Huck et Jim descendent la rivière en radeau et rencontrent une péniche abandonnée, où Jim trouve le corps de Huck's Pap ; Jim décide de garder la découverte secrète. Ils mettent le cap sur Le Caire, dans l'Illinois, un État libre où Jim sera en sécurité. En chemin, Huck et Jim aident deux hommes éjectés d'un bateau fluvial, un couple qui prétend être le duc de Bilgewater et Louis XVII, le roi légitime de France. Ce sont en fait des acteurs malchanceux et des escrocs qui voient une opportunité lorsqu'ils repèrent un avis promettant une récompense de 1 000 $ pour un esclave en fuite correspondant à la description de Jim. Après qu'une représentation atroce de « Roméo et Juliette » de Shakespeare – avec Huck dans le rôle de Juliette – ait provoqué une réaction de colère du public, Huck, le duc et le Dauphin fuient le théâtre et reviennent rejoindre Jim sur le radeau. Se dirigeant vers la ville suivante, le duc et le dauphin demandent l'aide de Huck dans un complot visant à escroquer deux jeunes femmes endeuillées, Susan et Mary Jane Wilkes, de leur fortune en se faisant passer pour leurs oncles perdus depuis longtemps. Le capitaine Brandy, le meilleur ami du défunt, comprend rapidement la mascarade, bien que les naïves Susan et Mary Jane refusent de croire que les hommes sont des imposteurs. Le capitaine Brandy conclut un accord avec Huck : si Huck aide à dévoiler le plan, le capitaine Brandy emmènera Jim et Huck dans un état libre à bord de son bateau à vapeur. Le duc et Dauphin tentent de se venger de Huck en dénonçant Jim au shérif. Jim avoue finalement à Huck que l'homme mort à bord de la péniche était Huck's Pap, une révélation qui choque et exaspère Huck. Mais les deux sont obligés de se réconcilier lorsque des hommes de loi apparaissent, désireux de capturer Jim. Alors qu'il semble que Huck et Jim s'en sortiront proprement, Huck est mordu par un serpent à sonnette et Jim risque d'être capturé pour emmener Huck chez un médecin. Pendant que Huck se rétablit au domicile des Wilkes, le capitaine Brandy est obligé de renvoyer Jim à Saint-Pétersbourg pour y être jugé pour meurtre. Lorsque Huck découvre la situation de Jim, il supplie le capitaine Brandy de le ramener chez lui sur le bateau à vapeur. Bien que les inondations et les eaux agitées rendent le voyage périlleux, le bateau arrive à temps et Huck sauve Jim d'une potentielle fête de lynchage. Huck persuade également la veuve de laisser Jim en liberté. Elle accepte, mais seulement si Huck promet d'aller à l'école, de porter des chaussures et d'arrêter de fumer. Huck acquiesce et cède à contrecœur sa pipe en épi de maïs au capitaine Brandy. Mais le lendemain, alors que la veuve et Huck regardent Jim naviguer vers la liberté, il est révélé que Huck a oublié ses chaussures sur le quai et qu'il a un épi de maïs dans sa poche arrière.