Période Nara et du début de la période Heian.Yone et sa belle-fille, Shige, vivent dans une maison dans une bambouseraie. Elles sont violées et assassinées par une troupe de samouraïs, et leur maison est incendiée. Un chat noir apparaît, léchant les corps.
Les femmes reviennent sous forme de fantômes avec l'apparence de belles dames, qui attendent à la porte de Rajōmon. Chaque soir, Shinge demande protection à un samuraï et l'amène dans un manoir illusoire dans la bambouseraie où se trouvait la maison incendiée. Yone remercie le samouraï et apporte le saké que verse Shinge jusqu'à ce que le samourai soit saoul et qu'elles lu idemandent de se mettre à l'aise : une invitation claire pour aller dans la chambre. Là, apres quelques baisers, Shige tue le samouraï comme un chat, lui déchirant la gorge avec ses dents. Au matin,les samouraïs abandonnés dans la bambouseraie sont dépouillés par les paysans miséreux.
Pendant ce temps, dans le nord du Japon, une bataille a lieu avec les Emishi (les populations indigènes du Tohoku -Nord-Est du Japon- qui refusent de se plier à l'autorité de l'empereur). Un jeune homme, Hachi, tue fortuitement le général ennemi, Kumasunehiko. Il apporte la tête coupée pour la montrer au gouverneur, Minamoto no Raikō. Il dit qu'il a combattu le général sous le nom de Gintoki du bosquet. Il est fait samouraï en reconnaissance de son exploit. Lorsqu'il part à la recherche de sa mère et de sa femme, il découvre que leur maison a brûlé et que les femmes ont disparu.
Raikō dit à Gintoki de trouver et de détruire les fantômes qui tuent les samouraïs. Gintoki rencontre les deux femmes et réalise qu'il s'agit de Yone, sa mère, et de Shige, sa femme. Ils ont conclu un pacte avec les enfers pour revenir et tuer les samouraïs afin de se venger de leur mort. Parce que Gintoki est devenu un samouraï, selon leur pacte, ils doivent le tuer, mais Shige rompt sa promesse de passer sept nuits d'amour avec Gintoki. Puis, parce qu'elle a rompu le pacte, Shige est condamné aux enfers. En rendant compte de ses progrès, Gintoki en deuil dit à Raikō qu'il a détruit l'un des fantômes.
Gintoki rencontre à nouveau sa mère spectrale à Rajōmon en essayant de séduire les samouraïs. Après avoir vu son reflet en fantôme dans une mare d'eau, il l'attaque avec son épée, lui coupant le bras, qui prend l'apparence d'un membre de chat. Gintoki apporte le membre à Raikō, affirmant que c'est la preuve qu'il a tué le deuxième fantôme. Raikō est content et dit que Gintoki restera dans les mémoires comme un héros, mais lui ordonne d'abord d'effectuer sept jours de purification rituelle. Au cours de la purification, Gintoki reçoit la visite de Yone, qui prétend être une voyante envoyée par l'empereur pour éloigner les mauvais esprits. Elle trompe Gintoki pour qu'il lui donne le membre, puis vole à travers le plafond et disparaît dans le ciel. Désemparé et échevelé, Gintoki titube à travers les bois jusqu'au chalet où il a rencontré les fantômes, et là, il s'effondre. Les murs disparaissent autour de lui, révélant les restes calcinés de sa maison familiale où Shige et Yone ont été assassinés. La neige tombe et recouvre son corps tandis qu'un chat miaule au loin.
Les chats bienfaisants ou malfaisants sont nombreux dans le folklore japonais. Le bakeneko, est un yōkai (ou entité surnaturelle) censé avoir la capacité de prendre la forme d'une victime humaine, la mangeant souvent au passage. Kuroneko (Le chat noir) appartient ainsi au genre du films d'horreur japonais de type « chat monstre » (kaibyō eiga ou bake neko mono), un sous-genre dérivé principalement du répertoire du théâtre kabuki . La fumée pour créer une atmosphère fantomatique est aussi caractéristique du théâtre kabuki de même que les mouvements de saut et de vol des esprits avec le chūnori (chevauchée dans les airs), un tour visuel dans lequel les acteurs sont amenés à « voler » dans les airs grâce à l'utilisation de fils. Les mouvements de danse de l'esprit de la mère, sont basés sur les danses du théâtre Nô.