Octobre 1634, dans un Japon qui connaît une longue période de paix, de nombreux samouraïs devenus sans maître, les rônins, sont dans la misère. L'un d'eux, Hanshiro Tsugumo, du Clan Fukushima, arrive à Edo (Tokyo) dans la résidence du Seigneur Li, et demande la permission de mourir dignement en commettant le hara-kiri dans la cour.
Le chambellan de Li, Kageyu Saito, pour le décourager, lui raconte l'histoire d'un autre rônin, Motome Chijiiwa, qui fit la même demande en espérant en fait que le clan l'engagera à son service et qui fut contraint de commettre le harakiri avec un sabre de bambou, ayant dû vendre son vrai sabre pour survivre.
Hanshiro est traumatisé par les détails horrifiants du sort qui fut réservé à Motome mais il persévère dans sa décision de mourir dans l'honneur. Au moment de se faire hara-kiri, il présente une ultime requête : il désire être assisté dans son acte par trois lieutenants de Kageyu, qui sont absents tous les trois, par une étrange coïncidence.
Méfiant et furieux, Kageyu demande à Hanshiro de s'expliquer. En fait, Motome Chijiiwa était le gendre de Hanshiro qui livre le récit doux-amer de leurs vies. En 1615, Hanshirô Tsugumo est un ami du chambellan du clan Fukushima qui vient de se rallier tardivement au Shogun. Celui-ci, pour assoir son autorité sur le Japon qu'il vient de réunifier, cherche à remplacer les ralliés de fraiche date ses plus anciens fidèles. Il tire parti que le chambellan n'a pu empêcher ses samouraïs de reconstruire l'enceinte du château détruite sans autorisation pour dissoudre le clan. Le chambellan se laisse mourir, non sans confier son jeune fils de six ans, Motome, à la garde de son ami. Motome aime les livres et est amoureux Miho, la fille de Hanshiro. Celui-ci regarde d'un il bienveillant ces amours enfantines qui perdurent jusqu'à l'âge adulte. Il refuse les sollicitations de seigneurs que reçoit Miho même si cela le conduit à gagner chichement sa vie en confectionnant des ombrelles. Motome, pauvre instituteur, vit heureux aimé de Miho. Hanshiro marie ses enfants qui ne tardent pas à donner naissance à Kango. La maison, battue par les vents et la pluie, provoque la maladie de Miho. Motome et Hanshiro dépensent leurs derniers revenus à lui payer des médicaments et de quoi manger. C'est bientôt Kango qui tombe malade. Motome a alors l'idée du hara-kiri pantomime qui pourrait lui rapporter les quelques sous nécessaires au paiement du médecin. Il laisse Kango et Miho à la garde de Hanshiro. Celui-ci tente de sauver Kango qui finit par succomber à la fièvre. Au matin, le clan Li ramène le corps de Motome et Hanshiro apprend comment est mort son gendre
Kageyu comprend que Hanshiro s'est lancé dans une épreuve de force. Celui-ci lui remet non seulement les trois pièces tachées de sang réclamées par Motome mais lui raconte comment il a humilié les trois samouraïs responsables de sa mort en coupant leurs chignons.
Horrifié et déshonoré, Kageyu Saito ordonne qu'on tue Hanshiro, mais celui-ci se défend farouchement avec un sabre en bois et parvient à abattre la statue du clan avant de se laisser transpercer par les sabres ennemis.
Pour sauver le "code d'honneur" des samouraïs Saito force ses trois lieutenants sans chignon à se supprimer. Lors de la visite du chef de clan, plus rien ne subsiste du scandale et de la perturbation introduits par Hanshiro.
Le roman Ibun rônin ki de Yasuhiko Takiguchi avait déjà été adapté par Masaki Kobayashi en 1962 dans Hara-kiri. Takeshi Miike, dans ce remake avoué, décale subtilement le message.
Dans ses multiples flashes-back, Kobayashi montrait brièvement la vie de Miho et Motome depuis leurs quinze ans et, plus longuement, les trois combats de Hanshiro contre les bourreaux de son gendre. Le film ne perdait pas ainsi sa tension vengeresse qui culminait avec le spectaculaire combat final.
Miike privilégie le long flash-back dans lequel il raconte l'enfance de Miho et Motome et leur difficile vie d'adulte. Ces deux êtres doux, lettrés et fragiles disparaissent presque comme des fantômes de ce monde (épisode du chat revenu mourir, tente de voiles dérisoirement protectrice autour de l'enfant, teinte maladive de Miho). Le sectionnement des trois chignons et traité dans un très court flash-back séparé.
C'est ainsi moins l'inutile vengeance de Hanshiro sur laquelle insiste Miike que sur le sacrifice des trois êtres fragiles que sont Hanshiro, Motome et Miho. Caractéristiques de ce choix, la neige qui tombe sur le combat final où Hanshiro, sans espoir se bat avec un sabre de bois pour rendre hommage au sacrifice de son gendre : "On traite de fou celui qui ne faisait qu'attendre le printemps pour une vie un peu plus douce". Au spectaculaire duel plein de rage contre l'ordre établi de Masaki Kobayashi, Miike oppose un combat avec un sabre de bambou où Hanshiro ne tue personne.