Deux couples, un blanc, l'autre noir vivent à New York avec le spectre de la bombe atomique qui plane au dessus d'eux. Ils essaient de comprendre pourquoi leur amie, Barbara, une jeune femme, s’est suicidée.
Premier long métrage de Jonas Mekas, c'est un film vif et passionné, rendant compte du New York des années 60. Le titre vient d’un poème de Stuart Perkoff qui raconte comment quelques jeunes avaient le sentiment que tout se retournait contre eux : même les arbres dans les parcs et dans les rues leur semblaient tels des armes brandies contre leur existence.
Un film fait de scènes disjointes oscillant entre le passé et le présent. Film fragmentaire sans lien apparent entre une scène et la suivante, elles agissent à la façon d'une mosaïque émotionnelle et poètique
Jonas Mekas décrit ce film comme une tentative de dépeindre « l'intérieur » d'une génération à travers ses sentiments, pensées et attitudes. "Guns of the Trees exprime les pensées, les sentiments, les efforts angoissés de ma génération, face à la perplexité morale de notre époque".