En 1996, une terrifiante épidémie, due à un virus inconnu, a éliminé la quasi-totalité de la population mondiale. En 2035, les survivants, réfugiés sous terre, nont quun espoir : remonter le temps jusquà la date de la catastrophe et en rapporter un échantillon du virus originel, afin de fabriquer un vaccin. Le prisonnier James Cole se voit proposer une remise de peine sil mène à bien cette dangereuse mission. Par erreur, il est expédié six ans avant la date voulue et se retrouve à Baltimore en 1990. Son comportement étrange et son discours incohérent le font placer dans un asile psychiatrique où il est soigné par Kathryn Railly, brillante assistante du docteur Fletcher.
Il fait ainsi la connaissance dun autre pensionnaire, Jeffrey Goines, un illuminé en conflit avec son père, le docteur Leland Goines, connu pour ses expérimentations animales. Ramené durgence en 2035, James accepte à nouveau de partir en mission. Après une erreur daiguillage, il se retrouve brièvement dans les tranchées de la guerre de 14-18 avec José, son compagnon de détention.
Il aboutit enfin à Baltimore en 1996. En six ans, Kathryn est devenue réputée pour ses travaux sur les psychoses hallucinatoires et Jeffrey, toujours aussi fou, semble sêtre rallié à la cause de son père, qui la sorti de lasile et le loge dans sa luxueuse résidence. James devine quil est le chef dune organisation secrète, lArmée des Douze Singes, sans doute à lorigine de la propagation du virus. Il oblige Kathryn à lemmener à Philadelphie, où se trouve le siège de lorganisation. La jeune femme essaie de le convaincre que ces idées dapocalypse sont le produit de son cerveau malade, mais plusieurs indices (notamment la balle quil a reçue lors de son passage dans les tranchées) lui font penser quil dit peut-être la vérité. Dès lors, elle laide dans son enquête.
Or, il savère que lArmée des Douze Singes est un
groupuscule décologistes inoffensifs qui complotait pour libérer
les animaux du zoo, provoquant ainsi des embouteillages monstres à
Philadelphie. Le responsable de lépidémie est en fait
Peters, lassistant du Dr Goines, qui sapprête à faire
le tour du monde en avion, disséminant ses échantillons mortels.
En tentant de lintercepter à laéroport, James est
abattu par la police sous les yeux effarés de Kathryn et dun
petit garçon (James lui-même, quarante ans en moins). Mais il
a eu le temps davertir ses correspondants de 2035, qui pourront peut-être
éviter le désastre.
"Je ne reconnais pas le film parce qu'à chaque fois que je le vois, je suis différent ; alors le film est différent."