Le "Vengeur" vient d'accoster à Brest. Sur le pont, l'équipage s'affaire à ses dernières tâches avant de descendre à terre goûter à des plaisirs éphémères, le temps d'une escale. Parmi eux, Querelle, le beau marin, au puissant pouvoir de séduction, qui ne laisse pas insensible son supérieur, le lieutenant Seblon.
Pénétrant à l'intérieur du bar-bordel le plus réputé du port, Querelle retrouve son frère, Robert, barbeau et incompréhensible image morale de lui-même. D'étranges rapports de haine et d'amour lient les deux frères. Fasciné par Lysiane, chanteuse, épouse du patron et maîtresse de Robert, Querelle doit cependant se soumettre au désir et au fantasme de Nono, le tenancier du bordel. Séduction... fascination... Querelle rencontre Mario, le policier, un habitué des lieux, puis Gil, le sosie de son frère.
Bien que poussé par un formidable instinct de vie qui le force à vivre, Querelle tue ceux qui lui ressemblent, de peur de les aimer comme lui-même... Lentes et inévitables étapes du chemin vers la mort.
Adaptation puissante de Querelle de Brest de Jean Genet, roman mystérieux réputé inadaptable, Querelle est le dernier film de Rainer Werner Fassbinder. Mythe cinématographique pour les uns, délire lubrique pour les autres, cette oeuvre est l’une des plus libres de son auteur. Fassbinder transposet le Brest de Genet dans un décor de studio baroque et fantasmé. Il exacerbe la thématique homosexuelle présente dans le texte d’origine avec une crudité sans précédent, la mêlant à une problématique criminelle, rapprochant ainsi pulsion sexuelle et instinct de mort.
Querelle est si beau qu'il fait s’évanouir les officiers, si lâche et si traître qu'il livre tous ses amis, intéressé par lui seul, mortel et sublime.