Jeune écrivain sans le sou, Émile Zola partage une mansarde de Montmartre avec le peintre Paul Cézanne. Il trouve un emploi chez un éditeur qui le renvoie après la publication dun livre accusé dimmoralité. La rencontre dune prostituée quil sauve du suicide change totalement sa vie. Il en fait lhéroïne de "Nana", un roman qui, contre toute attente, est un succès. Quelques années plus tard, Zola est devenu un grand écrivain dont les livres dénoncent lhypocrisie et linjustice sociale.
À lambassade dAllemagne, le comte Esterhazy dépose une lettre contenant des secrets militaires. Sur une liste de suspects possibles, le capitaine Alfred Dreyfus, dont le nom est suivi de « juif », est aussitôt désigné comme coupable. Arrêté pour trahison, dégradé publiquement, il est ensuite déporté à lÎle du Diable, en dépit de ses protestations dinnocence adressées à la presse. Lucie Dreyfus, la femme de laccusé, obtient laide de Zola, alors davantage préoccupé par son élection à lAcadémie française. Une fois convaincu de son innocence, Zola publie « Jaccuse ». La France est alors partagée entre partisans et adversaires de Dreyfus.
Larmée fait comparaître lécrivain devant un tribunal où il doit répondre de ses accusations. Condamné à un an de prison, Zola préfère sexiler à Londres pour poursuivre son action en faveur de Dreyfus. Il obtient ainsi la révision de son procès. Enfin reconnu innocent, Dreyfus est réintégré dans larmée française. Les vrais coupables sont punis. Zola meurt asphyxié sans avoir jamais rencontré Dreyfus. À ses funérailles, Anatole France prononce son éloge : il est dit-il « un moment de la conscience humaine ».
Le film établit un parallèle entre la France de l'affaire Dreyfus et l'Allemagne des années 1930. Il allie la reconstitution historique et la dénonciation du nazisme. Son ampleur déborde donc largement le cadre de l'affaire Dreyfus et peut s'apparenter à un avertissement sur la situation de l'Europe. Dieterle déclara à ce sujet : "Il est des situations dans l'histoire où beaucoup risquent de connaître le sort de Dreyfus sans pouvoir être sauvés par des héros comme Zola". L'allusion était claire.
Le film eut trois oscars et fut un triomphe. Pourtant la censure française interdit le film et réussit à le faire retirer de la compétition au festival de Venise 1938. Le contexte était défavorable, l'Italie venait de promulguer des lois raciales (sous l'impulsion de l'Allemagne) et ce film était trop Dreyfusard. Officiellement, il fut retiré pour "atteinte au prestige de l'armée française". L'année précédente, il avait été interdit car il salissait la mémoire de Zola. Derrière ces augments fumeux transparaît la trame antisémite qui enveloppait une partie des responsables français et l'ambiguïté des relations de la France avec ses deux voisins fascistes. Le film est projeté au studio 28 en 1952 dans le cadre de l'anniversaire de la mort de Zola, amputé de 27 minutes et précédé d'un avertissement disculpant le rôle de l'armée française dans la condamnation a priori du capitaine Dreyfus.