Mouchette est une adolescente, presque une enfant, qui vit à la campagne la vie des gens très pauvres et solitaires. Elle va à l'école sans plaisir, soigne sa mère très malade, s'occupe de son petit frère et de cent autres tâches domestiques. Le père et le grand-frère de Mouchette s'enivrent volontiers (comme la plupart des gens du pays) et font de drôles de trafics avec le bistrot du village.
Une nuit, dans la forêt, la fillette est surprise par un orage. Non loin d'elle, le garde-champêtre Mathieu et Arsène, le braconnier, se disputent, en viennent aux mains, puis semblent fraterniser. Arsène, qui croit avoir tué le père Mathieu, s'assure la complicité de Mouchette. Plus tard dans la nuit, il la viole. A peu près dans le même temps, la mère de Mouchette meurt.
Le lendemain, l'adolescente vaque à ses occupations habituelles, puis, très simplement, drapée dans une robe qu'on vient de lui offrir, elle se noie dans l'étang.
L'absence de psychologie du film correspond à celle du livre. Mouchette, telle les colombes prises au piège au début du film est une jeune fille innocente qui ne rencontre que malheur et cruauté. Elle se suicidera par noyade, le lendemain de la mort de sa mère. Pas de psychologie, des visages lisses. Seulement des actions : des mains préparant le collet ou échangeant de l'argent, donnant des coups. Mouchette n'est qu'une âme destinée à rencontrer la cruauté. Sa psychologie n'est que dénoté (mauvaise chanteuse à l'école, sourires avec le garçon pendant les auto-temponeuses, larmes avec le nourrisson pendant qu'elle le nourrit au biberon) sans rapport avec le sens profond de l'action.
Le roman de Bernanos prend place juste après le célèbre Journal dun curé de campagne (1936), et avant Monsieur Ouine (1946) qui occupera les dernières années de limagination du romancier.
Le prénom du personnage éponyme rattache ce récit à Sous le soleil de Satan dont le prologue relate la triste destinée de la première Mouchette. Toutefois, Bernanos écrit "La Mouchette de la Nouvelle histoire na de commun avec celle du Soleil de Satan que la même tragique solitude où je les ai vues toutes deux vivre et mourir". Le second personnage entretient cependant plus que cette déréliction avec le premier ; de même la Nouvelle Histoire de Mouchette annonce un certain nombre de thèmes développés dans Monsieur Ouine, si bien que la Nouvelle Histoire constitue un pont entre le premier et le dernier roman de Bernanos.
Lauteur a voulu écrire une pure tragédie : le destin inéluctable dune enfant misérable, vouée à la mort par le Mal qui a submergé le monde. La Nouvelle Histoire révèle à sa manière lemprise démoniaque du Soleil de Satan et décrit minutieusement, comme dans Monsieur Ouine, les arcanes infernaux. En effet, de même que le Royaume de Dieu commence secrètement à advenir dès cette vie terrestre, la voie de la perdition est, elle aussi, également présente. Mais elle est tellement plus prégnante quelle obsède Bernanos. Le péché originel y destine toujours lhomme à la solitude éternelle ; le silence de Dieu sy fait toujours plus mystérieux. Pour certains êtres misérables, lannonce dun salut reste inaccessible, cest pourquoi, en dernier recours, lécrivain catholique révolté les confie à la grâce divine : "À lune et à lautre [les deux Mouchette] que Dieu fasse miséricorde !"