À la lisière de l'immense forêt amazonienne, au Brésil, Bill Markham, ingénieur, travaille pour une grosse compagnie américaine qui édifie un barrage hydroélectrique. Un jour, le jeune Tommy – sept ans – aperçoit des “sauvages” et disparaît dans la forêt.
Pendant dix ans, la famille Markham perd totalement la trace du jeune garçon, mais Bill n'a pas perdu espoir de le retrouver et continue ses recherches avec Werner, un reporter-photographe soucieux de réaliser le “scoop” de sa vie. Et un jour, le miracle se produit : Bill manque de se faire attaquer par un jeune Indien... qui n'est autre que son fils Tommy. Celui-ci a le corps et le visage couverts de peinture, comme tous les autres Indiens de la tribu dite des “Invisibles”, dont il fait maintenant partie. Ses frères indiens l'appellent Tomme... Tomme n'a pas oublié ses vrais parents : il raconte à son père qu'il continuait à le voir en rêve. Mais lorsque son père lui demande de revenir avec lui dans le monde “civilisé”, Tomme refuse : sa vraie vie est avec les Invisibles, et il vient de se fiancer à la jeune Kachiri.
Celle-ci et ses compagnes sont enlevées par une tribu adverse : les “Féroces”, qui les échangent contre des armes à des proxénètes blancs. Wanadi, le vieux chef des Invisibles est tué, et Tomme décide de partir à pied vers la ville pour demander de l'aide et des armes à son père Bill. Celui-ci aidera les Invisibles et s'apercevra en même temps que son monde dit civilisé est en train de détruire progressivement celui où son fils a fait sa vie. Au bout du compte, Bill prendra une grave décision : il tentera de faire sauter le barrage à la dynamite, mais c'est en fait la magie indienne, provoquée par son fils Tomme, qui, en déclenchant des pluies diluviennes, détruira le barrage qui menaçait la forêt...